《史瑞克三世》的故事在尋找《遠的要命王國》的王位繼承人。費歐娜公主的父親哈洛國王在駕崩之前，希望史瑞克能繼承王位接管《遠的要命王國》；但史瑞克自認不適合擔任國王，因此哈洛國王在臨死前，要求史瑞克去找費歐娜公主的堂弟亞遜來繼承王位。 於是，史瑞克再度和他的死黨兼跟班驢子和鞋貓劍客出發去尋找王位繼承人。

值得一提的事，這回所有童話故事裡最美麗的五位公主們也會在《史瑞克三世》裡相聚成為費歐娜公主的姐妹淘，包括白雪公主、長髮公主、灰姑娘和睡美人，外加一位灰姑娘的醜姐姐，她們將一同悍衛《遠的要命王國》，絕不讓白馬王子伺機謀篡王位。