劍心（佐藤健 飾）來到京都，欲阻止想征服日本的志志雄（藤原龍也 飾），並與志志雄的部隊發生正面衝突。然而志志雄正準備駕駛裝甲艦－煉獄號襲擊東京。

劍心為了拯救被志志雄抓走並丟入海中的小薰（武井咲 飾），他奮不顧身跳入海裡卻獨自被沖上岸，被師父比古清十郎（福山雅治 飾）救起。劍心深知以自己目前的實力無法打贏志志雄，於是請求師父傳授「飛天御劍流」的奧義。 另一方面，得知劍心還活著的志志雄向政府施壓，要脅政府以幕末時代犯下的殺人罪孽，公開斬首劍心。面臨最大危機的劍心，要如何打敗最瘋狂的敵人志志雄拯救日本？並與下落不明的小薰再度相聚呢？