魔女可琪莉（宮澤理惠 飾）和凡人歐其諾（筒井道隆 飾）生下了可愛女孩琪琪（小芝風花 飾），她遵循著「在13歲的滿月之夜踏上旅程，到沒有魔女的鄉鎮生活一年」的修行慣例，跟著黑貓吉吉乘著掃把飛行到了海景宜人的克里克城。

初來乍到，她在緊鄰著風車小屋的麵包店，遇見了溫柔的老闆娘（尾野真千子 飾）以及老闆福男，決定將這裡當作她的落腳處，當起專門替人快遞物品的宅急便魔女。 但琪琪接下第一個任務就和客戶少年蜻蜓（廣田亮平 飾）成為冤家，更在一次偶然的狀況下，成為小鎮上的話題人物，每天都有接不完的委託。而得意忘形的她不理會吉吉的叮嚀囑咐，持續過著快樂的宅急便生活。

直到某一天，克里克城需要琪琪的協助解決一件大事，但是她卻發現自己再也無法飛行，於是內心陷入混亂掙扎⋯⋯面對憂心忡忡的小鎮居民，她要如何扭轉這一切？她是否能重拾飛行能力，找回昔日的陽光笑容，繼續魔女修行呢？