「新世界」的某座島出現一艘飄著詭異旗幟，這艘由前海軍上將「Z將軍」擔任首領的「新海軍」船隻，即將盜取號稱擁有巨大能量、足以與古代兵器匹敵名為「原動石」的珍貴礦石。當 Z 將軍與手下艾茵及賓茲在成功取得原動石之際，下個目標即是啟動「將海賊全數消滅」這個足以震撼「新世界」的終極計畫！ 正在「新世界」海域航行，以魯夫為首領的草帽海賊團，赫然發現右臂裝著巨大兵器且負傷的Z將軍漂浮在海上。魯夫一行人雖對異常兵器萌生警戒之心，卻仍幫他治療傷勢。然而當Z將軍恢復意識並發現草帽一伙人是海賊時，Z 將軍竟毫不猶豫開始攻擊他們！即使草帽海賊團一行人奮力反擊，卻抵擋不了Z將軍的狂暴攻勢。

草帽海賊團在遭受到「惡魔果實」的襲擊下慘敗，以致他們名為千陽號的海盜船近乎全毀，此時他們又將面臨前方海軍本部的通緝，以及前海軍上將「青雉」對他們的窮追猛打。魯夫是否能在強敵環伺之際，帶領草帽海賊團殺出重危，為「新世界」航向希望之路？一場殊死決鬥即將激烈展開！