一位集「御宅族」「網路毒男」「秋葉男」等身份於一身的網路系統工程師（山田孝之 飾），與父母同住，平日主要開銷是買動、漫、Game 與玩具，偶爾參加同人誌聚會，活到 22 歲還沒交過女友，當然更沒經歷過初吻與初體驗。某日他見義勇為，在電車上救了被中年醉漢騷擾的年輕女性，人生從此不一樣！

兩天後，在電車上被搭救的女性，寄給他高級的愛瑪仕對杯作為謝禮，連名牌都認不出來的他，慌亂的不曉得該怎麼處理。為了回禮，他想約這位「愛瑪仕」小姐吃飯，但是從來沒有與女性約會的經驗，更沒有在高級餐廳用餐過，不知如何是好的他，索性用「電車男」的化名，向沒有女人緣的獨身 Otaku 聚集的「網路毒男討論版」發出求救訊號……

「要去哪吃飯？拜託啦！」就因為「電車男」這句話，一群同病相憐、感同身受的毒男們，紛紛留言為他打氣加油，並且絞盡腦汁幫他出主意。其中有被男友拋棄的護士提出女性的建議，還有閒的發慌的主婦也加入討論，在家中自閉的青年則猛潑冷水，以及成日泡網咖的「毒男三人組」把「電車男」當成自己夢想般熱心加油，受到了這些網友的真誠鼓舞，「電車男」終於與「愛瑪仕」一步步地縮短了距離。

短短兩個月期間，整個留言板上眾家網友的情緒，也隨著「電車男」求愛過程中的希望與挫折而起伏，歡笑與淚水交織下，彼此間的友誼也更加堅定。他們不斷鼓舞著「電車男」。而最後，「電車男」願意為愛成長的勇氣，也深深打動了他們…