「我要打倒的對象——還在這個城鎮裡。」少年選擇了自己的信念，以及保護少女。魔術師〈御主〉與英靈〈從者〉以許願器「聖杯」為中心，展開的戰鬥——「聖杯戰爭」。睽違十年，在冬木市展開的戰爭，由於「御三家」之一的間桐臟硯參戰，而漸漸開始盤根錯節、偏離軌道。臟硯召喚出的從者是真 Assassin。身分不明的黑影，在城鎮中肆虐，御主和從者接連倒下。以御主身份參戰的衛宮士郎，不但再度身受重傷，甚至失去了從者 Saber。可是，士郎為了保護櫻，並不打算從此退出戰爭。櫻雖然非常擔心士郎，卻又無法逃離魔術師的命運。「我答應妳，我會…… 」他下定決心，絕不會背叛她。少年與少女由衷的企盼，即將被那黑影抹煞……。