一些糖，一些香料，和一切美好的事物，再加一大匙強力的神秘化學元素 X，於是誕生了花花、毛毛、泡泡這三個飛天小女警。他們成為小鎮村的人民保護者的精彩故事，即將登上大銀幕了。

一開始，塔尼恩教授在實驗室裡，研究如何製造這三個小女孩時，並沒打算給她們超能力，他只是想製造完美小女孩。但教授的實驗室助理 ─ 淘氣的猴子「啾啾」，不小心打翻了化學元素 X，於是製造出飛天小女警。三個飛天小女警具備不可思議的力量 ─ 雷射眼、如超人般的大力氣、以及光速飛行的能力。雖然她們不是故意想傷害任何人，但淘氣的天性，加上超凡的能力，的確為她們製造出不小的事端，使得小鎮村的每個大人小孩都討厭她們。三個小女孩意志消沈，覺得她們的超能力邪惡又惹人厭。

這時候「啾啾」出現了，由於同樣受到化學元素「X」的影響，他已經從一隻調皮但友善猴子，變成了邪惡的「魔人啾啾」。他跟女孩們說，他完全了解她們的痛苦，說服她們參與他製造出一部「美好小鎮」機器的計劃，以協助小女警們贏回小鎮村民的喜愛。天真的小女警們喜出望外，於是出發到世界各地去收集所需的材料。但女孩們不知道，魔人啾啾跟本不是想創造美好小鎮，他只是想利用這部機器，去完成他破壞小鎮的邪惡心願！小女警能及時發現魔人啾啾的真面目嗎？她們真的能幫助小鎮村成為更美好的地方嗎？