《進化特區》故事描述一顆載有外星人細胞的隕石，墜落在亞歷桑納州的一個小鎮附近的沙漠裏，隕石在沙漠中撞了一個大洞，外星人的細胞就在洞裏繁殖蔓延。人類在地球上用了幾百萬年的時間才從細胞演化成現在的人類，但這些外星細胞在洞裏卻只用了短短幾天就繁衍成許多詭異的外星生物，這些外星生物為了生存還企圖攻佔地球。

艾瑞（大衛杜可夫尼 飾）原本是一位在政府機構任職的科學家，因為無法苟同腐敗的官場文化，離開政府機關後在小鎮上擔任一位生物科學教授。當他和同事哈利（奧蘭多瓊斯 飾）發現洞裏有不尋常的生物後，他們和小鎮救火員韋恩（席恩威廉史考特 飾）、以及茱麗安摩爾飾演的政府研究員愛莉森結合起來，一同研究對抗外星人的方法，卻發現他們的敵人不只是外星人，還包括野心勃勃的地球人。