史上最暢銷電玩改編，罪犯卡倫林區（麥克法斯賓達 飾）因犯下殺人罪，本已被執行死刑，但醒來後發現自己身在西班牙的阿布斯特戈工業（Abstergo Industries），映入眼簾的是蘇菲亞瑞金（瑪莉詠柯蒂亞 飾），她跟父親亞倫瑞金（傑瑞米艾朗 飾）正在主導一連串實驗，企圖透過科技增強人類能力，而林區正是他們的「病人」之一。

不明就裡的林區被強迫接上「記憶回溯機」（Animus），這台機器可以利用高智慧科技讓使用者開啟基因記憶，重新經驗祖先的故事，林區因此回到15世紀的西班牙宗教裁判所，親歷祖先的記憶，也在此時發現自己的祖先阿基拉 (Aguilar) 原來是名刺客，一邊與聖殿騎士們對抗，一邊尋找非常重要的神器。林區親歷阿基拉的過去後，受到了影響，他決定利用獲取的知識和技能，起身對抗現代的聖殿騎士們，掀起一場革命風暴。