除威爾史密斯、湯米李瓊斯老搭檔再次出招，喬許布洛林也加入黑西裝陣線。15 年來，MIB 探員 J（威爾史密斯 飾）經歷過各種詭異的遭遇，與無數醜八怪異形交手。不過，他卻一直無法參透沉默寡言的K探員（湯米李瓊斯 飾）難以捉摸的心思。如今眼前迫切的危機，不但直接威脅到探員 K 性命，還關係著人類未來的存亡。然而唯一的解決辦法，就是回到過去，重寫歷史，阻止已經發生的危機。而牽動一切危機的關鍵，就是找到探員 K 那段深藏多年、不為人知的秘密...... 於是，探員 J 找到了「young 版」探員 K（喬許布洛林 飾），兩人再次攜手扭轉未來。

本片也延續前作特色，藉著時空倒敘的情節不忘大開 60 年代巨星的玩笑，例如普普藝術家安迪沃荷擔任 MIB 的臥底、暗示藍調搖滾天后珍妮絲賈普林是外星人，連滾石合唱團主唱米克傑格都被說成來地球尋歡的外星禽獸。而一向愛搞怪的女神卡卡 (Lady Gaga)，也繼麥可傑克森之後，成為第二位在 MIB 系列電影客串演出外星人的美國歌手，其他飾演外星人的巨星還包括小賈斯汀、貝克漢、提姆波頓、姚明、小野貓主唱等。