在今年這部值得紀念的麵包超人第20部電影「妖精靈靈的秘密」中，麵包超人最想告訴大家的主題是「何謂勇氣？」 麵包超人為什麼能夠擁有無敵力量？原來當果醬叔叔在烤麵包超人的臉時，加入了勇氣之花的汁液。知道了這個秘密的細菌人，就欺騙了獨自守護勇氣之花的妖精靈靈，趁著靈靈到街上去的時候，把種植勇氣之花的花壇弄得亂七八糟！

為了找尋勇氣之花，靈靈和麵包超人前往住著沙漠巨人的沙漠深處，還有冰之女王的冰之宮殿，卻都還是沒能取得勇氣之花，麵包超人一行人只能把最後的希望寄託在死神山，但是等在那裡的，卻是搭乘著最強機器的細菌人！僅存在岩石隙縫唯一的一朵勇氣之花眼看就要被破壞凋零了！！！加油！不要輸了呀！麵包超人！把大家的勇氣找回來吧！！

同場加映「小陰森與叭噗．叭噗．細菌人」，細菌人在喝下陰森森博士的徒弟「小陰森」所製造的藥之後，突然變成了小嬰兒！！後來麵包超人世界中的每個人竟然也全部都變成了小嬰兒了？！