接續《移動迷宮》的故事，幽地鬥士被直昇機載走，飛離迷宮。一行人被帶到位於焦土大漠中一座神秘的庇護所，這個機構由表裡不一的詹森（艾登吉倫 飾）所管理，詹森提供他們安穩且舒適的環境，並下令讓幽地鬥士們在醫療實驗室中接受一連串的測試，詹森向湯瑪士保證將會把他們送到更加安全的保護區與其他對閃焰症病毒免疫的年輕人一同居住。

然而，來自另一座迷宮的獨行俠亞里士（雅各洛夫蘭德 飾）找上湯瑪士，帶他來到一處禁區，卻發現那裡有著成堆的屍體躺在活動病床上。察覺事有蹊蹺的湯瑪士於是決定再次帶領他的夥伴逃出詹森的掌控，然而在面前等著他們的，卻是比迷宮更加危險的焦土。