在遙遠的未來，由於最後一次世界大戰破壞了所有科學文明，曾經君臨天下的貴族，凌駕於人類的統治者吸血鬼面臨着原因不明的物種衰退，但是他們仍然威脅著人類的生存，獵殺吸血鬼的職業獵人便應運而生。

而人與吸血鬼貴族的混血兒由於兼備了吸血鬼和人類兩方的優點，成為了地表最強的獵人。然而不幸的是，這些被稱為「半人半吸血鬼」的混血兒，無法過正常人的生活，就連吸血鬼也不歡迎他們，在這群孤獨的混血兒中有一位英俊的佼佼者，他就是吸血鬼獵人 D。

艾爾邦家族的千金夏洛特遭到吸血鬼貴族麥耶爾林克強行擄人勒贖，所以夏洛特的父親請求吸血鬼獵人 D 和獵人馬克斯兄妹前往營救。途中，吸血鬼獵人 D 和馬克思兄妹因為爭奪酬金而互相較量，弄得不歡而散。

其後，他們查明了夏洛特並不是被擄走，而是愛上了麥耶爾林克，真相是兩人要一起私奔，並前往吸血鬼伯爵夫人卡米拉的城堡，搭乘飛船前往世外桃源『夜之城』開始他們的新生活，而在歷經波折，當 D 和馬克斯兄妹抵達城堡時，一場生死對決就此開戰。