明憲宗年間，宦官得勢，賢臣遭到濫殺，鬧得滿城風雨、朝廷裡人人自危。俠客趙懷安（李連杰 飾）在一次營救忠良行動中，將惡貫滿盈的東廠提督一劍穿心，西廠督主雨化田（陳坤 飾）對他祭出格殺令，江湖頓時風雲變色，此時，懷安等人、西廠密探、韃靼商隊等江湖各路人馬，再度投宿三年前曾毀於大火的龍門客棧裡。

幾乎被世人所淡忘的邊關客棧，霎時間山雨欲來、一觸即發：為何劍客風裡刀的容貌，竟與雨化田如此相似？對客棧密道知之甚詳的吹笛女子凌雁秋（周迅 飾），是否就是金鑲玉本人？ 就在由雨化田親率的西廠追兵壓境之際，趙懷安猶如平地一聲雷般橫空出世。自古正邪不兩立，一場不是你死就是我亡地決一死戰，將在蒼茫的大漠展開⋯⋯