二戰結束後不久，日本南海驚現離奇事件，打撈船榮子丸在平靜的海面上突然遇難，倖存者寥寥，前去搜救的賓果丸也一去不返。不久，南海附近的島嶼大戶島遭受到恐怖的襲擊，島上的老人聲稱這便是傳說中的怪獸哥吉拉作怪。

古生物專家山根京平教授受命前往調查，根據現場遺留的痕跡斷定，這個怪物是 200 萬年前侏羅紀時代存活下來的恐龍，並且在原子彈輻射的影響下，化身為更具破壞力的恐怖怪獸。該論斷一經公佈，便在日本國內引起軒然大波。

政客和軍隊紛紛行動，意欲置哥吉拉於死地。而哥吉拉也闖入東京，進行一場毀滅性的破壞。人類的命運懸於一線......。