鄰近日本富士山的一個神秘森林，盛傳每年都有許多年青男女前往自殺。據當地報導，在此森林中尋短的死者，其中不少連屍體也找不回！最奇怪的是，前往森林自殺的人，都不是附近居民，更甚者有遠居於百哩外的……。一連串無法解釋的謎團，讓這個森林漸漸引來許多令人毛骨悚然的怪異傳聞，並成為好奇者前往試膽探險的祕境。

故事正是由這一個神祕森林開始。傑（鄭伊健 飾）是一位修讀高級植物學的博士，他耗盡所有時間和精神，去證明「植物等同生物」的理論，他認為植物都有思想，感情甚至於語言。一天，城中大新聞又再傳起，日本首相的愛女被一名狂徒誘騙到另一樹林，殘暴地將她姦殺了…… 兇嫌柏（周俊偉 飾）在政府及警方大力追查下，不久便被緝捕到案，但偵訊多時卻未能將他定罪，原因是兇徒做案時竟戴了保險套，以致警方未能掌握指證他犯案的DNA證據，再加上兇嫌聘請了一機智大律師為他辯護，令審訊更加費時。

此時剛接任探長的女警官夏（舒淇 飾）奉命接手此案，她深信柏只是命案的共犯之一，決定進入案發的神秘樹林調查。 另方面，傑仍鍥而不捨地進行一個實驗，期待透過儀器得到一些數據證明，可惜仍是沒半點反應。傑的女友霞（李彩華 飾）是電視台節目製作、主持人，她得知日本有一神秘森林，長久以來為廣泛人所談及，於是決定做一個電視特輯，並將親身帶領外景隊深入該森林作一次探險報導！正當她籌備拍攝期間，傑的實驗也有突破性發展，令傑深信植物的思維是深不可測的。

傑把握這一個機會，竟然提議了一個驚人實驗，就是在法律認可之下，他親身帶同儀器及姦殺首相女兒兇嫌進入案發的樹林，目的是他認為案發當日唯一目擊證人便是整個樹林！他可以透過收集回來的訊號再加以分析，便可指出兇嫌是否為命案的真兇……。